La sociedad existente antes de la llegada de los conquistadores fue transformada, con lo que cambió la estructura social de la Nueva España. Los grupos que conformaron la sociedad virreinal fueron los siguientes.
Españoles y criollos: los españoles eran el grupo social más privilegiado, por lo que mantenían el control político y económico, y los puestos importantes de gobierno. Los criollos eran hijos de españoles nacidos en Nueva España y no podían ocupar altos cargos de gobierno.
Mestizos y castas: las castas se conformaron por hijos de padres de distintos grupos sociales, por ejemplo, españoles e indígenas o criollos y mestizos, etcétera. Era el grupo de población mayoritario en la Nueva España y se dedicaba a la agricultura, ganadería y trabajo en minas.
Indígenas: por su lado, se convirtieron en un grupo minoritario, ya que murieron por las epidemias y la guerra. Muchas comunidades indígenas se desintegraron, pues la gran mayoría se evangelizó y pagaba tributo.
Africanos: fueron traídos como esclavos para suplir el trabajo indígena. La gran mayoría trabajaba en minas, en el servicio doméstico y en las haciendas azucareras.
Los españoles encabezaban la estructura de gobierno.
Rey. Gobernaba el territorio de la Nueva España.
Consejo de Indias. Proponía al rey políticas aplicables a los territorios, elaboraba leyes, nombraba funcionarios, supervisaba la Real Hacienda, era tribunal y recopilaba información geográfica e histórica.
Virrey. Representante directo del rey; dirigía la política, la economía y la justicia en Nueva España, y apoyaba a la Iglesia en su labor evangelizadora.
Audiencias. Funcionaban como tribunales civiles y judiciales; escuchaban las quejas de los pobladores y aplicaban la justicia y las leyes.
Gobernadores. Eran designados por el rey de España y se encargaban de administrar las provincias o intendencias de Nueva España.
Ayuntamientos o cabildos. Resolvían los problemas políticos, económicos, administrativos y judiciales de la región; se encargaban del reparto de solares y de la recaudación de algunos impuestos.
Los españoles introdujeron nuevos productos a la Nueva España, los cuales se distribuían en tianguis y en los puertos con las ferias comerciales. Todo esto cambió el paisaje y ayudó a la diversificación.
En la agricultura se introdujeron productos como trigo, arroz, cebada, centeno, zanahorias, rábanos, lechuga, col, cebolla y ajo; además de herramientas como el arado, azadones, hoces, tenazas y animales de tiro.
En cuanto a la minería, los principales centros se localizaron en el occidente y norte del país, en ciudades como Guanajuato, Real de Catorce, Zacatecas, Taxco, Chihuahua, San Luis Potosí y Durango.
Los animales que introdujeron los españoles en la actividad ganadera fueron res, caballo, oveja, cabra, cerdo y aves de corral.
Además, en la Nueva España se reorganizó el territorio para administrar los recursos económicos y sociales. Por ejemplo, los pueblos de indios (organización regida por descendientes de los antiguos gobernantes prehispánicos) pagaban tributos al gobierno español y debían adecuarse físicamente a las normas de las poblaciones europeas. Asimismo, se llevó a cabo una traza de retícula con una iglesia, plazas y calles.
Se establecieron reales de minas sin una organización fija en el lugar, pues, en caso de veta minera, estos abandonaban. En las estancias, se desarrollaban las actividades de ganadería y la producción agrícola. Los obrajes eran talleres dedicados a la elaboración de textiles y metales.
Algunas ciudades novohispanas se fundaron sobre antiguas localidades prehispánicas y estaban destinadas a ser solo para población española; su importancia económica radicaba en que eran el centro de las actividades económicas regionales.
En la Nueva España la posición social la determinaba el origen de las personas: los españoles peninsulares eran los únicos que podían ocupar puestos altos en el gobierno, la Iglesia y el ejército. En orden jerárquico, a los peninsulares les seguían los criollos, después los mestizos, luego las castas (mezclas que se originaron entre todas las razas) y, finalmente, los esclavos africanos, que hacían los trabajos de mayor demanda física. En la sociedad novohispana existía mucha desigualdad.
La sociedad novohispana fue un territorio multicultural gracias a los españoles, los indígenas, las castas y los africanos. Los ejemplos evidentes de esta mezcla son la alimentación, las lenguas, las creencias y las costumbres que heredamos.
El descontento de la sociedad por la desigualdad social se vio reflejado en levantamientos armados y motines, lo cual finalmente produjo el inicio de la guerra de Independencia, que finalizó el periodo virreinal.